1952年,國(guó)家政務(wù)院批準(zhǔn),由原河北農(nóng)學(xué)院、平原農(nóng)學(xué)院的畜牧、獸醫(yī)系和山西農(nóng)學(xué)院的獸醫(yī)專業(yè)合并遷至呼和浩特,創(chuàng)辦內(nèi)蒙古畜牧獸醫(yī)學(xué)院,是內(nèi)蒙古自治區(qū)第一所本科高等學(xué)校,當(dāng)時(shí)的中央人民政府主席毛澤東同志簽署任命了第一任院長(zhǎng)。

1959年,內(nèi)蒙古呼和浩特農(nóng)業(yè)學(xué)校、內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)干部學(xué)院、內(nèi)蒙古牧業(yè)干部合作學(xué)院等3所學(xué)校并入內(nèi)蒙古畜牧獸醫(yī)學(xué)院。
1958年,內(nèi)蒙古黨委批準(zhǔn),學(xué)校的水利系移交內(nèi)蒙古水利學(xué)校,成立了內(nèi)蒙古水利電力學(xué)院。
1963年,內(nèi)蒙古農(nóng)牧學(xué)院被列為華北地區(qū)重點(diǎn)高等農(nóng)業(yè)院校,成為內(nèi)蒙古自治區(qū)最早招收國(guó)外留學(xué)生和研究生的高校。
1978年,內(nèi)蒙古自治區(qū)黨委決定,恢復(fù)內(nèi)蒙古林學(xué)院,從此,農(nóng)林兩校進(jìn)入了各自的恢復(fù)、發(fā)展和振興期。
1983年,經(jīng)內(nèi)蒙古自治區(qū)黨委和政府批準(zhǔn)列為內(nèi)蒙古自治區(qū)重點(diǎn)院校。
1993年,經(jīng)國(guó)務(wù)院學(xué)位委員會(huì)批準(zhǔn),內(nèi)蒙古農(nóng)牧學(xué)院成為內(nèi)蒙古第二個(gè)具有博士學(xué)位授予權(quán)的學(xué)校。
2000年,學(xué)校成為內(nèi)蒙古第一個(gè)具有一級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授予權(quán)的高校。
2012年,內(nèi)蒙古自治區(qū)政府和國(guó)家林業(yè)局簽署共建內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)協(xié)議,正式進(jìn)入省部(局)共建行列,屬內(nèi)蒙古自治區(qū)重點(diǎn)大學(xué)。