MRI可利用被檢組織的物理和生物化學(xué)特性(如水、鐵、脂肪、血管外血液及其分解后的產(chǎn)物等) 來作組織特性的評價，并區(qū)別不同組織。通過流動效應(yīng)來評價血流和腦脊液的流動。自旋回波序列掃描時，骨皮質(zhì)及鈣不發(fā)射信號。因此，為骨骼所包圍的組織，如后顱窩和椎管內(nèi)的組織顯示清楚，不受因骨產(chǎn)生的偽影所影響。MRI 掃描時，無需移動病人即可作多方向的掃描，因此在制定臨床醫(yī)學(xué)放射治療和手術(shù)方案時很有幫助。MRI 增強掃描時所用的順磁性造影劑無毒性反應(yīng)，使我們能研究血腦屏障的完整性。

MRI圖像信號的采集不是利用電離輻射，也無需含碘的造影劑；在檢查前不用對病人進(jìn)行特殊的準(zhǔn)備；加之它是一種無創(chuàng)傷性的檢查，所以易為病人所接受。

盡管MRI 具備上述技術(shù)上的優(yōu)勢，但也有一定的不足之處，如：

扭描時信號采集較慢，需時較長。重危病人，不能很好合作和配合的病人，仍不能接受此項檢查，或因監(jiān)護系統(tǒng)及生命維持系統(tǒng)不能進(jìn)入醫(yī)學(xué)影像磁體房，或因掃描時間太長而不能耐受。由于磁體掃描膛較小，少數(shù)病人會有幽閉感，不能很好配合只得中止檢查。另外對過于肥胖的病人亦不易進(jìn)入掃描膛，或即使進(jìn)入，也可能因肢體碰觸線圈而造成圖像不良。帶有心臟起搏器或體內(nèi)帶有磁鐵性醫(yī)療裝置的病人均受到限制，不能接受檢查。

自旋回波成像時，鈣無信號，在診斷以病理鈣化為特征的病變時，會受到影響。MRI 是一種高科技成像儀器，需要一定的技術(shù)力量和器材來維持其運轉(zhuǎn)，因此費用較高。